Depuis plus de 100 ans, le travail de sélection des éleveurs et de leurs organisations a permis de spécialiser les races bovines et d'obtenir des animaux de haute valeur génétique. Toutefois, les performances zootechniques dépendent aussi fortement du milieu. L'expression du potentiel génétique ne se réalise que dans des conditions où les animaux peuvent satisfaire leurs besoins physiologiques et sont en mesure d'exprimer leurs comportements naturels.
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L'évaluation du potentiel génétique des animaux a longtemps buté sur l'écueil de l'effet du milieu : en France ce n'est qu'au début des années 90 que les chercheurs de l'Inra sont parvenus à unifier le système d'évaluation génétique des reproducteurs bovins allaitants à partir du contrôle des performances en ferme de la naissance au sevrage, avec le système IBOVAL. Les informations issues de l'indexation IBOVAL permettent, entre-autres, de mesurer les effets de milieu et notamment l'effet de milieu troupeau indépendant de son niveau génétique.
Un ensemble important de connaissances (remontant aux années 70) démontre comment le stress physique affectant durablement des animaux (en lien avec leurs conditions de logement par exemple) altère non seulement leur comportement mais aussi leur physiologie et peut entraîner des états prépathologiques, voire pathologiques.
Les récentes découvertes scientifiques dans le domaine de l'épigénétique mettent en évidence l'influence déterminante des conditions de vie, notamment au cours de la période de croissance, dans la modulation de l'expression des gènes d'intérêt zootechnique : dimensions, développement musculaire, largeur de bassin et aptitudes laitières des femelles, fertilité, etc...
Pour mieux connaître les besoins des animaux d’élevage, des études sont actuellement en cours pour définir et normaliser des méthodologies permettant de mesurer scientifiquement le bien-être des animaux.